In seiner Jugend spielte Francis Banecki bei den Reinickendorfer Füchsen, Hertha BSC und Tennis Borussia Berlin und wechselte zur Saison 2003/04 in die Jugendmannschaft von Werder Bremen. Ein Jahr später stieg er in die Amateurmannschaft der Bremer auf.

Neben den Spielen in der Regionalliga Nord trainierte Banecki zunehmend mit den Profis. Er gehörte durch große Verletzungssorgen der Bremer und guter Leistungen zunehmend zum Bundesliga-Kader. Am 20. Oktober 2004 debütierte Francis Banecki im Champions-League-Vorrundenspiel gegen den RSC Anderlecht für die Profis. Drei Tage später feierte er sein Debüt in der Fußball-Bundesliga beim 4:1-Sieg der Bremer gegen den FC Nürnberg.

Aufgrund vieler guter Leistungen erhielt Banecki ein Jahr später einen Profivertrag im Team von Thomas Schaaf. Außerdem nahm er an der U-20-Weltmeisterschaft 2005 in den Niederlanden für die U-20-Nationalmannschaft teil. Im Verlaufe dieses Turniers traf Banecki u. a. auf Gegenspieler wie Lionel Messi.

Nach der Saison 2005/06 wurde sein Vertrag bis 2008 verlängert; für die Saison 2006/07 wurde er jedoch an den Zweitligisten Eintracht Braunschweig ausgeliehen. Banecki konnte dort lediglich neun Spiele bestreiten. Eine Knieverletzung setzte ihn die gesamte Rückrunde außer Gefecht. Nach seiner Rückkehr aus Braunschweig gehörte Banecki bei Werder dem Kader der zweiten Mannschaft an. Die Folgen seiner Knieverletzung sorgten aber dafür, dass er in der Spielzeit 2007/08 zu keinem Pflichtspieleinsatz mehr kam.

Zur Saison 2008/09 unterschrieb Francid Banecki einen Vertrag bei der zweiten Mannschaft von Hertha BSC. Dort war er anfangs Stammspieler, seine Knieverletzung kam jedoch erneut zum Vorschein, sodass Banecki in der Rückrunde verletzungsbedingt nicht mehr zum Einsatz kam. Nach der Saison wurde, in Absprache mit Cheftrainer Lucien Favre ein Umbruch im Kader von Hertha BSC II vollzogen. Viele Spieler wurden abgegeben, unter ihnen auch Francis Banecki.

Zu Beginn der Saison 2009/10 war Banecki beim Oberligisten BSV Kickers Emden aktiv. Bei seinem Debüt am ersten Spieltag für die Emder erzielte Banecki beide Tore beim 2:1-Sieg gegen den SV Meppen. In der Winterpause wechselte Banecki, der in Emden seinen Rhythmus wiedergefunden hatte, zum Regionalligisten FC Oberneuland, für den er einen bis Saisonende gültigen Vertrag unterschrieb. In seinem ersten Spiel für die Oberneuländer gelang ihm erneut ein sofortiger Torerfolg.

Der bereits Anfang Juli 2010 aufgelöste Vertrag machte den vorgesehenen Wechsel zum Oberligisten VfB Oldenburg zunichte, sodass Banecki zur Saison 2010/11 beim Ligakonkurrenten SV Meppen einen Vertrag unterzeichnete. Bei den Emsländern spielte er auf der gewohnten Innenverteidigerposition, wurde jedoch auch häufiger im Sturm aufgestellt. Aufgrund dieses Positionswechsels gelangen ihm in der Premierensaison für den SV Meppen gleich 15 Saisontore. Er war damit der erfolgreichste Torschütze und trug wesentlich zum Platz 1 in der Spielzeit bei, der den Aufstieg in die Regionalliga Nord bedeutete.

Da Banecki sich mit dem Verein nicht auf eine Vertragsverlängerung verständigen konnte, wechselte er daraufhin im Sommer 2011 zum Oberligisten BSV Schwarz-Weiß Rehden, um dort parallel eine Berufsausbildung starten zu können. Mit dem BSV Rehden erreichte Francis Banecki mit einem vierten Platz in der Saison 2011/12 den Aufstieg in die Regionalliga Nord.

In der ersten Regionalliga-Saison konnte Rehden einen sicheren Platz im Tabellenmittelfeld erreichen. Weiterhin qualifizierte sich der Verein durch den Einzug in das Finale des Niedersachsenpokals für die erste Runde des DFB-Pokals. Dort traf man auf den FC Bayern München. Banecki konnte aber wegen einer Verletzung nicht mitspielen.

In der Saison 2013/2014 erreichte man das Finale des Niedersachsenpokals und konnte sich dort mit 2:1 gegen die FT Braunschweig durchsetzen. Nach Abschluss der Saison verließ Banecki aus persönlichen Gründen den BSV Rehden und kehrte in seine Heimat Berlin zurück. Bei der VSG Altglienicke spielt er in der Berlin-Liga und war zudem in der Saison 2014/2015 Trainer der A-Junioren. Mit den Altglienickern wurden Banecki in der Saison 2015/2016 Berliner Meister und stieg in die Oberliga auf.

Zudem eröffnete Francis Banecki, gemeinsam mit seinem ehemaligen Mitspieler Adrian Schedlinski und in Kooperation mit dem Nordberliner SC eine Kinderfußballschule.

Erfolge

• 2005: UEFA Champions League-Teilnehmer mit Werder Bremen
• 2011: Niedersachsenmeister: 1. Platz der Oberliga-Niedersachen und Aufstieg in die Regionalliga mit dem SV Meppen
• 2012: Aufstieg in die Regionalliga mit dem BSV Rehden
• 2014: Niedersachsenpokal-Sieger mit dem BSV Rehden
• 2016: Berliner Fußballmeister: 1. Platz der Berlin-Liga und Aufstieg in die Oberliga Nordost mit der VSG Altglienicke